SWATH定量蛋白質(zhì)組學(xué)

服務(wù)介紹：

　　蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)指的是大規(guī)模、高通量地研究一個(gè)細(xì)胞、組織或物種中表達(dá)的全套蛋白質(zhì)的學(xué)科。近十年來(lái)，質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展大大推動(dòng)了的蛋白質(zhì)組學(xué)的進(jìn)步，基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)成為蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域技術(shù)手段。通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可以對(duì)生物樣本中的蛋白質(zhì)、翻譯后修飾位點(diǎn)(如磷酸化)進(jìn)行大規(guī)模地鑒定或定量，進(jìn)而從高通量的數(shù)據(jù)分析中挖掘有價(jià)值的信息和規(guī)律，為功能機(jī)制的探究提供線(xiàn)索和基礎(chǔ)。2003年，人類(lèi)基因組計(jì)劃(HGP)完成精細(xì)圖的繪制后，同年，人類(lèi)蛋白質(zhì)組學(xué)計(jì)劃(HPP)隨即開(kāi)展起來(lái)，反映了科研領(lǐng)域?qū)Φ鞍踪|(zhì)組學(xué)的重視。經(jīng)過(guò)十年時(shí)間，多家單位的共同努力下，人類(lèi)蛋白質(zhì)組草圖也于2014年在Nature雜志公布了。

　　SWATH/DIA是一項(xiàng)區(qū)別于DDA采集的全新的、全息式的質(zhì)譜技術(shù)，基于靜電場(chǎng)軌道阱 Orbitrap 的數(shù)據(jù)非依賴(lài)采集(Data Independent Acquisition, DIA)是賽默飛為用戶(hù)帶來(lái)的一項(xiàng)全新的、全息式的質(zhì)譜技術(shù)。DIA 將質(zhì)譜整個(gè)全掃描范圍分為若干個(gè)窗口，高速、循環(huán)地對(duì)每個(gè)窗口中的所有離子進(jìn)行選擇、碎裂、檢測(cè)，從而無(wú)遺漏、無(wú)差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息。因此，SWATH能夠?qū)?fù)雜樣品中幾乎所有可檢測(cè)的分子進(jìn)行定量測(cè)定。SWATH綜合了shotgun proteomics高通量檢測(cè)的特點(diǎn)與精準(zhǔn)定量分析的優(yōu)勢(shì)，是真正意義上的全景質(zhì)譜檢測(cè)手段MS/MS ALL。

　　實(shí)驗(yàn)流程：

　　蛋白提取—蛋白酶解—肽段富集—高分辨質(zhì)譜檢測(cè)采集數(shù)據(jù)(DDA建庫(kù)后DIA采集數(shù)據(jù))—數(shù)據(jù)庫(kù)檢索—數(shù)據(jù)分析

　　送樣運(yùn)輸要求：

　　1、蛋白樣本

　　①蛋白量大于100ug，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②建議測(cè)定蛋白濃度后，液氮速凍，避免蛋白降解，另外需要告知蛋白溶液的緩沖液成分和濃度，方便實(shí)驗(yàn)室收到后進(jìn)行后續(xù)處理。

　　③膠條、膠點(diǎn)樣本不建議進(jìn)行定量蛋白質(zhì)組學(xué)。

　　2、細(xì)胞樣本

　　①細(xì)胞量1x10⁷個(gè)，收集細(xì)胞沉淀，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②收集時(shí)，用預(yù)冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養(yǎng)基成分，然后離心去除上清保存。

　　3、血清樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②樣本應(yīng)盡量避免溶血。

　　4、血漿樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②樣本應(yīng)盡量避免溶血。

　　5、尿液樣本

　　①樣本量2mL，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②樣品應(yīng)盡量避免帶入糞便殘?jiān)?/span>

　　6、動(dòng)物組織樣本

　　①樣本量300mg，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②收集時(shí)，用預(yù)冷PBS緩沖液沖洗表面血液，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時(shí)結(jié)冰。

　　③固定液浸泡過(guò)的樣本無(wú)法進(jìn)行檢測(cè)。

　　7、植物組織樣本

　　①樣本量500mg，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②收集時(shí)，用預(yù)冷PBS緩沖液沖洗表面泥沙，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時(shí)結(jié)冰。

　　③固定液浸泡過(guò)的樣本無(wú)法進(jìn)行檢測(cè)。

　　8、微生物樣本

　　①樣本量干重200mg，-80℃保存，純干冰運(yùn)輸，避免反復(fù)凍融。

　　②收集時(shí)，用預(yù)冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養(yǎng)基成分，然后離心去除上清保存。

SWATH定量蛋白質(zhì)組學(xué)