賽默飛離子阱質譜的主要特點：
1、非線性諧振離子阱，將掃描范圍，分辨率及掃描速度三個質譜參數地組合起來。另外，其相鎖定技術可以精確地控制具有離子的噴射時間，從而保證了每次掃描的重現性。
2、標準掃描速度最快，可以采集更多的數據點。
3、交叉直角噴霧離子源及*的反吹干燥氣設計可以大大提高信噪比，大大降低毛細管被污染甚至被堵塞的幾率，無需進行噴霧針的X，Y，Z的位置優化。
4、優先價態選擇：對于多價離子，此功能可以根據預先設定，優先選擇某一價態的離子進行自動多級質譜分析，對于多肽的測序非常有用。
5、優先離子列表：保證目標離子優先進行MS/MS分析。此功能主要應用于在復雜基質中自動在線追蹤目標化合物。
6、智能碰撞誘導解離功能，優于傳統的能量歸一化功能，利用此功能可以得到重復性高的質譜圖。
7、多肽混合掃描模式。
賽默飛離子阱質譜的部分功能介紹：
掃描功能：具有全掃描Scan、選擇離子掃描SIS、選擇反應監測SRM、多反應監測MRM等掃描模式，各種掃描模式可自動交替進行；EI，CI可自動切換。
全掃描：得到全掃描譜圖，可迅速鑒別未知化合物；靈敏度高于單級四極桿。
選擇離子掃描：可以選擇單個離子或一段離子儲存；比單級四極桿的SIM具有更好的可操作性。
選擇性離子排除：可以選擇性地排除基質帶來的干擾離子。
選擇反應監測：用于GC-MS/MS定量分析實驗，并能大大提高檢測極限；
多反應監測：同時檢測多個化合物的母離子和子離子。
多級質譜分析：可用于有機合成未知物的結構解釋；通過不同階段的離子丟失判斷官能團情況。
離子源：EI內源、外源可選；PCI、NCI可選。可進行EI/CI自動切換。
脈沖離子化模式：根據樣品濃度發射電流，有效減少離子源的污染，大大的增加燈絲壽命。CI氣體電子流量控制。
具有PNHCI功能：外源CI模式，可做正、負、混合化學源。具有世界上*的液體化學源配置。
離子阱質量分析器：全惰性離子阱，適合高活性化合物的分析；靈敏度高；易于維護。
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