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一般自然條件下游離的花青素極少見，常與一個或多個葡萄糖、鼠李糖、半乳糖、木糖、阿拉伯糖等通過糖苷鍵形成花色苷，花色素中的糖苷基和羥基還可以與一個或幾個分子的香豆酸、阿魏酸、咖啡酸、對羥基苯甲酸等芳香酸和脂肪酸通過酯鍵形成酸基化的花色素。

花青素分子中存在高度分子共扼體系，含有酸性與堿性基團，易溶于水、甲醇、乙醇、稀堿與稀酸等極性溶劑中。在紫外與可見光區域均具較強吸收，紫外區大吸收波長在280 nm 附近，可見光區域大吸收波長在500 ～ 550 nm 范圍內。花青素類物質的顏色隨pH 值變化而變化，pH 7 呈紅色，pH= 7 ～ 8 時呈紫色，pH > 11 時呈藍色。