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ReadyAMP®PCR直接擴增技術應用在細菌16s rDNA鑒定中
閱讀：372 發布時間：2024-7-26ReadyAMP®PCR直接擴增技術應用在細菌16s rDNA鑒定中
隨著分子學的發展，細菌16S rDNA序列的鑒定逐漸成為細菌特征的“金標準”。大部分實驗室中正逐步使用該方法替代傳統細菌培養、生化鑒定等方法。16S rDNA因其序列在物種間的高度多樣性，成為細菌分類研究的“分子鐘”，素有“細菌化石”之稱。
16S rDNA鑒定意義重大，主要體現在以下幾個方面：
1、測序結果和已知細菌16S rDNA序列數據庫進行比較，可以確定未知細菌的分類和物種關系。對臨床微生物和環境微生物意義重大。
2、通過比較不同細菌的16S rDNA序列，可以推測相互之間的親緣關系和進化關系，進而了解細菌的進化和演化史。
3、通過環境樣本中細菌16S rDNA序列比較，可以分析和總結出不同細菌在不同環境下對自然界的功能和作用。
4、菌落中16S rDNA可變區進行鑒定，可提供菌落組成、表達豐度、以及系統進化分析。為菌落與環境、環境與人類的相互作用提供數據支持。
但是常規獲得16S rDNA序列的方法如圖1。實驗室工作人員zui常用的細菌DNA提取試劑盒，也就是通用的離心柱式提取基因組
圖1 傳統離心柱提取和ReadyAMP®快速16S rDNA細菌鑒定試劑盒對比
DNA。作為傳統且經典方法，該方法對長期從事提取工作的實驗室人員來說存在幾個難點：
1、提取時間長達40-90分鐘
2、需要使用溶菌酶、蛋白酶K等酶類
3、需要使用多種設備，包括恒溫浴、離心機等
4、革蘭氏陽性菌產量低
針對以上痛點和難點，我司開發了ReadyAMP®快速16S rDNA細菌鑒定試劑盒，操作流程見圖1。該方法最大的特點如下：
1、簡單便捷、一步完成；
2、檢測線低至104個/mL細菌；
3、檢測樣本豐富，例如對數生長期菌液、菌斑、甘油菌等；
4、樣本需求量低，例如菌液/甘油菌1-3μL、菌斑1個；
5、革蘭氏陰性菌檢出；
6、革蘭氏陽性菌99.99%檢出；
7、難培養樣本有效；
8、珍貴樣本有效；
已驗證的細菌包括：
案例A——對數生長期細菌快速擴增16S rDNA
以對數生長期菌液為模板，使用ReadyAMP®快速16S rDNA細菌鑒定試劑盒（貨號Nu-16S01）擴增16S rDNA，以菌液對應硅膠柱提取基因組為對照。
案例B——單菌落快速擴增16S rDNA
以對單菌置生理鹽水中為模板，使用ReadyAMP®快速16S rDNA細菌鑒定試劑盒（貨號Nu-16S01）擴增16S rDNA，以菌液對應硅膠柱提取基因組為對照。