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降低束流密度：通過擴大掃描區域或減小電子束的流強，可以減少單位面積上接收到的電子數量，從而減輕對樣品的損傷。

使用低加速電壓：較低的加速電壓意味著電子的能量較低，它們對樣品的穿透能力減弱，減少了對樣品內部結構的損傷，更適合觀察表面敏感或軟物質樣品。

優化樣品制備：確保樣品表面導電，通過鍍金或其他導電材料處理，減少表面充電效應。適當的熱處理可以減少樣品內部應力，間接降低損傷。對于生物樣品，冷凍干燥或液氮快速冷凍可以固定結構，減少電子束造成的結構變化。

控制掃描模式：選擇合適的掃描策略，如順序掃描而非隨機掃描，避免同一區域的重復輻射，減少累積損傷。

使用保護層：在樣品表面涂覆薄層導電或非反應性的材料，如金、碳膜等，可以作為屏障，減少電子束直接與樣品的相互作用。

環境掃描電子顯微鏡（ESEM）：在較高壓力下工作，可以利用環境中的氣體分子中和電荷，減少表面充電，從而減輕損傷。

調節工作模式和參數：包括調整電子束的曝光時間、掃描速度等，以減少總輻射劑量。

利用特殊技術：如能量色散X射線光譜（EDS）和背散射電子衍射（EBSD）來輔助分析，這些技術不僅能提供信息，還能在一定程度上幫助識別和避免偽影，間接保護樣品。

通過綜合運用上述方法，可以在保證成像質量的同時，最大限度地減少電子束對樣品的潛在損傷。