質粒最早是20世紀50年代初期在大腸桿菌中發現的，是細菌、酵母菌、放線菌等生物中獨立于染色體(或擬核)以外的閉合環狀雙鏈DNA分子，具有自主復制能力，可在子代細胞中保持恒定的拷貝數，并表達所攜帶的遺傳信息。那么你知道影響質粒構建實驗的因素有什么嗎？讓我們一起來看看吧！
一、載體的選擇
在選取克隆載體時應留意以下幾點：
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②攜帶易于篩選的選擇標記；
?、酆卸喾N限制酶識別序列，以供外源基因插入；
二、引物設計留意事項
在構建質粒時，設計引物時應考慮引物長度、引物的GC含量、引物的Tm值等因素，并避免引物間出現配對突變或次級結構等情況。
前向引物：5’端–上游克隆載體末端同源序列 + 基因正向擴增引物 --3’端
反向引物：3’端–基因反向擴增引物 + 下游克隆載體末端同源序列 --5’端
在運用PCR擴增目的基因的過程中，引物設計需留意事項：
?、?引物長度最好在18-30bp左右，常用的長度是 20-22bp；
②引物 Tm 值最好在 60℃ 左右，兩條引物間 Tm 值要保持接近，相差最好不要超過 5°C；
?、跥C 的含量標準通常為 40%-60% 或45-55%；
三、酶切位點的選擇
在構建質粒時，選擇適當的切割酶和連接酶至關重要。對于切割酶的選擇，應該考慮到酶切位點的位置以及酶的反應條件等因素。而對于連接酶的選擇，則應根據所使用的質粒載體和目標基因的大小來確定。
①選擇質粒上兩個酶切位點之間的距離不宜過小(>10bp)，否則會影響限制性內切酶對切點的識別，從而不利于空載體的雙重酶切。
?、谠诳寺”磉_目的基因的情況下，選擇酶切位點時應考慮以下因素：
目標基因片段內不應含有所選酶切位點(否則在檢驗陽性重組子的雙重酶切時可能會切斷目標基因)。
?、墼诤罄m實驗中使用的所有載體(真核、原核、酵母、昆蟲)盡可能含有所選的酶切位點，并且要確保插入載體時的方向正確(即定向克隆)，以免在更換載體進行表達時需要重新設計引物以引入新的酶切位點。
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