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隨著現代傳統中藥的發展，中藥的提取技術有了新的發展。其中分子蒸餾技術由于其蒸餾溫度低、受熱時間短、分離程度高等優點，能更好的保留原料里面的有效成分，并且增加收率純度，近幾年來在中藥有效成分提取領域受到廣泛關注。很多證明有效的中草藥成分提取就很適用采取短程分子蒸餾法。
比如類胡蘿卜素是一種食用色素，有很高的營養價值，并對抵抗某些疾病有一定的作用。用分子蒸餾法從甜橙香油中提取類胡蘿卜素，由于分子蒸餾法不使用溶劑，成本較低，并且雜質含量低。同時用這種方法生產的類胡蘿卜素，色價高，類胡蘿卜素高，β-胡蘿卜素含量高。
揮發油是中藥提取物中很重要的一部分，其主要成分是醛、酮、醇類，且大部分為萜類，這些化合物沸點高，屬熱敏性物質，使用分子蒸餾法，可避免因傳統蒸餾受熱時間長、溫度高使揮發成分破壞。大蒜的主要成分為揮發油，從大蒜中提取藥用有效成分，用以制備大蒜注射液，臨床用于治療細菌性痢疾、腦炎等。
外我國由于工業污染、農業生產中大量使用化肥、污水灌溉以及為控制植物病蟲草害，不得不使用大量化學農藥等原因，造成了中藥中重金屬含量和殘余農藥含量超過了國外藥物管理標準，增大了我國藥物出口的難度。利用分子蒸餾技術可以有效解決中藥中的殘余農藥和重金屬超標問題。
分子蒸餾技術應用于中藥有效成分的提取在我國已有一定的應用，目前也主要用于傳統中藥中揮發油類和油脂類等低級性物質分離純化，有效促進我國傳統中藥制藥技術的發展。