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安捷倫氣相色譜儀色譜柱上如果有高分子不揮發性物質殘留，那么在程序升溫時就容易產生基線漂移，因為這些物質的保留較強，在柱中移動緩慢，可以采用重新老化的方法將這種強保留組分從柱子上趕出，但這種方法增加了固定液氧化的可能性。
此外，還可以使用溶劑沖洗氣相色譜儀色譜柱(沖洗之前請閱讀柱子的使用注意事項,以便選出合適的溶劑)；也可以安裝保護柱，這樣可以預防問題發生。
如果是安捷倫氣相色譜儀進樣器被污染造成基線漂移，可以通過更換進樣墊、襯管和密封圈來解決，同時用溶劑沖洗進樣口，維護完畢之后，用一段熔融石英管將氣相色譜儀進樣器和檢測器連接起來，進一針空樣，以確認進樣器已經干凈。
安捷倫氣相色譜儀分析室的要求如下：
(1)分析室周圍不得有強磁場，易燃及強腐蝕性氣體。
(2)室內環境溫度應在5~35度范圍內，濕度小于等于85%(相對濕度)，且室內應保持空氣流通。有條件的廠好安裝空調。
(3)準備好能承受整套儀器，寬高適中，便于操作的工作平臺。一般工廠以水泥平臺較佳(高0.6~0.8米)，平臺不能緊靠墻，應離墻0.5~1.0米，便于接線及檢修用。
(4)供儀器使用的動力線路容量應在10KVA左右，而且儀器使用電源應盡可能不與大功率耗電量設備或經常大幅度變化的用電設備公用一條線。電源必須接地良好，一般在潮濕地面(或食鹽溶液灌注)釘入長約0.5~1.0米的鐵棒(絲)，然后將電源接地點與之相連，總之要求接地電阻小于1歐姆即可。(注：建議電源和外殼都接地，這樣效果更好)。
安捷倫氣相色譜儀開箱后，按資料袋內附件清單，進行逐項清點，并將易損零件的備件予以妥善保存。然后按照儀器的使用說明書上要求，將其放置于工作平臺上，并對著接線圖和各插頭，插座將儀器各部分連接起來，后連接記錄儀和數據處理機。注意各接頭不要接錯。
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