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二級生物安全柜通過垂直層狀薄片的HEPA過濾器過濾后，在安全柜內部形成向下流動的氣流，即下沉氣流，可有效防止實驗操作過程中產生的氣溶膠和微小顆粒逃逸出柜體，避免操作人員吸入有害的微生物或化學物質，從而保護操作人員的身體健康，為樣品提供了一個相對無菌的局部環境，防止外界環境中的微生物、灰塵等污染物進入柜體，污染樣品，確保實驗結果的準確性和可靠性。同時，對于一些對環境敏感的樣品，如某些細胞株、病毒樣本等，能在安全柜的保護下維持其活性和穩定性，有利于實驗的順利進行。
將實驗過程中產生的有害氣體、氣溶膠等污染物進行過濾和凈化后再排放到室外，避免了這些污染物直接釋放到實驗室環境中，減少了對周圍環境的污染，保護了實驗室工作人員以及其他在場人員的健康，同時也防止了污染物對實驗設備的腐蝕和損壞。
二級生物安全柜的測定步驟：
1.準備工作：
-清除生物安全柜內表面的污染。
-將所有物品置于安全柜內，以盡可能減少雙臂進出前面開口的次數。
-關閉操作前窗，打開紫外燈，對工作臺面，側壁表面以及后壁內側進行殺菌處理。
-稍微打開操作前窗，讓工作區排氣幾分鐘之后再開始工作。
2.現場檢測：
-有下列情況之一時，應對生物安全柜進行現場檢測：生物安全實驗室竣工后，投入使用前，安裝檢查；被移動位置后；應進行檢修后；更換過濾器后；生物安全柜一年一度的常規檢測。
-現場檢測應由有資質的專業人員按照生產商的說明對每一臺生物安全柜的運行性能以及完整性進行評估，以檢查其是否符合國家標準要求。安全柜防護效果的評估應該包括對安全柜的完整性、HEPA過濾器的泄漏、垂直氣流的速度、工作窗口氣流流向和平均風速、負壓/換氣次數、氣流的煙霧模式以及警報和互鎖系統進行測試。還可以選擇進行漏電、光照度、紫外強度、噪音水平以及振動性測試。
3.定期維護：
-每三個月更換一次預過濾器。
-每年更換一次紫外燈。
-每周采用空氣落菌數相似的方法進行無菌檢查。
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