厭氧反應器的優點十分明顯，但也存在一些局限性。

首先，它對溫度和營養物質的要求較為嚴格。適宜的溫度控制對厭氧微生物的生長及其降解效果至關重要，而在較低溫度下處理工業廢水時，效果可能受到限制。此外，厭氧微生物對氮、磷等營養元素的需求較高，若廢水中這些營養物質的含量不足，可能會影響反應器的性能。 

其次，厭氧反應器的穩定性相對較差。厭氧微生物的生長速度較慢，且對外部環境變化較為敏感。這意味著在處理厭氧廢水時，溫度、營養物質和pH值等外部因素的變化可能會導致處理效果的不穩定。 此外，厭氧反應器的處理速度較慢。由于厭氧微生物的生長速率較低，反應器在廢水處理上的速度和效率相對較低，這可能不適合一些對處理效率要求較高的廢水。 

綜上所述，盡管厭氧反應器在處理高濃度有機廢水、含硫化物和氮化物的廢水方面具有能耗低和污泥產生量少等優點，但其對溫度和營養物質的高要求、較差的穩定性以及較慢的處理速度等局限性也需引起重視。在選擇廢水處理設備時，應綜合考慮厭氧反應器的優缺點，以滿足不同的處理需求和實際情況。